A missão da Secretaria é auxiliar o produtor rural na execução da atividade agropecuária de forma legal e viável, promovendo o desenvolvimento e o potencial mercadológico dos alimentos e bens de consumo produzidos em Mogi das Cruzes. Bem como no abastecimento com foco na oferta e distribuição dos produtos mogianos com qualidade e diversidade para o consumidor final.